Aprosoja não atua nas responsabilidades individuais dos produtores: sua ação é orientada para ocorrer sempre em prol do coletivo, desenvolvendo ações e estratégias que possam beneficiar a maioria dos produtores do Estado. Seu trabalho é proativo e visa alterações e aperfeiçoamento em leis, decretos e marcos regulatórios, assim como busca manter participação ativa na formulação da política agrícola. Sempre que possível, atua em parceria com outras entidades para garantir que as instituições públicas e privadas cumpram seu papel na cadeia produtiva, respeitando as leis existentes. Seu modelo de gestão é baseado em Comissões de Trabalho – fóruns de discussão coordenados por membros da diretoria e profissionais de áreas específicas. Se relaciona com os produtores por meio dos Núcleos Regionais, proporcionando um trabalho que vai ao encontro das necessidades existentes em cada região. A Aprosoja incentiva a organização dos produtores de soja e milho nos núcleos, promovendo um contato direto e constante com as bases por meio de seus Delegados locais.